線形代数(連続系アルゴリズムのノート)
大規模グラフの可視化の手法・ソフトウェア
面白そうなので気が向いた時に調べる.随時情報追加予定.
基礎
- http://en.wikipedia.org/wiki/Graph_drawing これを読むぞ!
- http://www.csse.monash.edu.au/hons/se-projects/2006/Kieran.Simpson/output/html/node2.html コレも気になる!
なんかのソフトウェアパッケージの論文より引用 http://www.necsi.edu/events/iccs6/papers/c1602a3c126ba822d0bc4293371c.pdf
Graph layouts The following layout generators are part of igraph: simple
circle and sphere layouts, random layouts Fruchterman-Reingold layout, 2D
and 3D [8] Kamada-Kawai layout, 2D and 3D [9] spring embedder layout
LGL layout generator for large graphs [15] Grid-based Fruchterman-Reingold
layout for large graphs Reingold-Tilford layout [14] for trees.
このへんのキーワードも調べるか
手法のカテゴリ
- force-based layout systems
- Spectral layout methods
- Orthogonal layout methods
- あんま関係なさそう
- Tree layout algorithms
- ツリー
- Layered graph drawing methods (often called Sugiyama-style drawing)
- best suited for directed acyclic graphs or graphs that are nearly acyclic
- Circular layout methods
- graphviz の circo やな
Fruchterman-Reingold layout
T.M.J. Fruchterman and E.M. Reingold introduced a "global temperature" that controls the step width of node movements and the algorithm's termination. The step width is proportional to the temperature, so if the temperature is hot, the nodes move faster (i.e, a larger distance in each single step). This temperature is the same for all nodes, and cools down at each iteration. Once the nodes stop moving, the system terminates.
Kamada-Kawai Model
- http://www.csse.monash.edu.au/hons/se-projects/2006/Kieran.Simpson/output/html/node10.html
- やっぱ基本的にはバネ
- 二頂点間の最短距離を用いて,空間での距離がそれに近くなるようにする
新しそうな気になるもの
Large Graph Layout
- サイト http://lgl.sourceforge.net/
- DL http://sourceforge.net/projects/lgl/
- 論文 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15184029?dopt=Abstract
- 論文 http://www.marcottelab.org/paper-pdfs/jmb-lgl.pdf
- 結果の例 http://www.opte.org/maps/
MST を使って順に頂点を増やしながら配置を行う.バネモデルだが,バケット法を使って計算量を減らしている.
SFDP
- ページ (w/論文へのリンク) http://www2.research.att.com/~yifanhu/SOFTWARE/SFDP/index.html
- 例(複雑ネットワーク) http://www.cise.ufl.edu/research/sparse/matrices/SNAP/
- 例(最適化問題?) http://www2.research.att.com/~yifanhu/GALLERY/GRAPHS/index1.html
web-Google とかを可視化したとき,岩田が作ってた画像で出てきたような,大量のクリークみたいなのが全く写っていない.全頂点描画するとこうなってしまうものなんだろうか.
@tatsushi_do_ob さんのやつ
- ページ http://www.kecl.ntt.co.jp/as/members/tatsushi/graphdrawing.html
- 論文 https://www.waset.org/journals/ijece/v2/v2-10-97.pdf
- LGL より凄いらしい!
やっぱこういうの研究するのは物理系の人が強いんかなぁ.物理っぽいシミュレーションとかもろに関係しているわけだし.
その他
引っかかった論文
- http://jgaa.info/accepted/2007/HachulJuenger2007.11.2.pdf
- largeとか言いながら<1M edgesはちょっと……
- ひたすらグラフを可視化するサイト http://griffsgraphs.com/
AAAI 2012
Time-Critical Influence Maximization in Social Networks with Time-Delayed Diffusion Process
Search Algorithms for M Best Solutions for Graphical Models
Discovering Spammers in Social Networks
Social Context-Aware Trust Network Discovery in Complex Contextual Social Networks
- trust network (social networks)
- context, contextual network とは??
- abstract だけじゃ分からない
- Social Context-Aware trust Network discovery algorithm (SCAN)
- Monte Carlo method
- 性能がいいらしい
Dynamic Matching via Weighted Myopia with Application to Kidney Exchange
- 肝臓を交換する、ドナー提供者と患者のマッチングっぽい
- 既存のものは static だが、dynamic にやったほうがよいだろうという提案
- 結構この肝臓ドナー特有の話っぽい、データがない?
Searching for Optimal Off-Line Exploration Paths in Grid Environments for a Robot with Limited Visibility
- we present a method to calculate an approximation of the optimal (shortest) exploration path in an arbitrary environment
- a mobile robot with limited visibility
- 提案手法:A* 探索をする
- ちょっと読んだだけでは、何がわかっていて何がわかってない状況なのかさっぱりわからない
- on-line が標準的な設定らしいが、どう off-line なのか謎
Chemical Graphs
- データセット
- http://cactus.nci.nih.gov/index.html ここから手に入る
- vertices: atoms, edges: pairs of covalently-linked atoms
- 性質
- 小さいのがいっぱい:〜100 頂点ぐらい
- path-width が小さい:3以下が 99% を占める!?
Shortest paths in less than a millisecond
Rachit Agarwal, Matthew Caesar, Philip Brighten Godfrey, and Ben Y. Zhao. 2012. Shortest paths in less than a millisecond. In Proceedings of the 2012 ACM workshop on Workshop on online social networks (WOSN '12). ACM, New York, NY, USA, 37-42. DOI=10.1145/2342549.2342559 http://doi.acm.org/10.1145/2342549.2342559
Orkut (2 億 edges) で exact SPQ,ただしごく一部の点対には答えられない
続きを読むOn k-skip shortest paths
Yufei Tao, Cheng Sheng, and Jian Pei. 2011. On k-skip shortest paths. In Proceedings of the 2011 ACM SIGMOD International Conference on Management of data (SIGMOD '11). ACM, New York, NY, USA, 421-432. DOI=10.1145/1989323.1989368 http://doi.acm.org/10.1145/1989323.1989368
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